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故事以高仓家三兄妹为中心而展开，高仓冠叶（木村昴 配音）、高仓晶马（木村良平 配音）兄弟俩和患有绝症的妹妹高仓阳毬（ 荒川美穂 配音）。 有妹控情结的高仓兄弟俩都非常珍视阳毬，然而医生却让他们做好随时失去妹妹的准备。这天兄妹三人一同去水族馆游玩，可是一转眼兄弟二人发现妹妹不见了，随后他们在围观人群中央发现倒地不醒的阳毬。抢救无效被宣布死亡的阳毬竟然在停尸房里醒过来了！惊讶无比的兄弟俩把妹妹接回家，...

动画「魔法少女大战」原本是由御宅向情番组「2.5次元电视」制作的多媒体企划，曾在P站征集过一批魔法少女的人设，征集时要求以日本的各都道府县的当地风俗、名特产为原型，创作当地的魔法少女形象。因为日本有47个都道府，因此魔法少女也有47位。另外，除了动画「魔法少女大战」还将发售周边包，iOS平台的3D游戏等等...